A ses débuts, Agnès Boury se partage entre la comédie de boulevard et la musique contemporaine en assistant à la fois le metteur en scène Jean-Luc Moreau et le compositeur Nicolas Frize. Une sorte de grand écart qui se confirmera tout au long de sa vie professionnelle. Elle travaillera auprès de l'un pour une trentaine de pièces (entre 1983 et 1993) et auprès de l'autre pour 70 créations musicales en tant que collaboratrice et/ou interprète (entre 1979 et 2002).

A la télévision, elle collabore neuf années consécutives à la Nuit des Molières, ainsi qu'à plusieurs émissions de variétés et de fictions, puis réalise pour Canal + huit épisodes de la sitcom Eva Mag avec Chantal Lauby.

Au théâtre, elle assistera :
Stéphane Hillel - Les gagneurs, La Mamma, Les portes du ciel avec Gérard Depardieu, Un petit jeu sans conséquence (5 Molières en 2003), Les dernières lunes, Amadeus avec Jean Piat et Lorànt Deutsch.

Alain Sachs - Le Passe-muraille de Didier Van Cauwelaert et Michel Legrand (Molières du meilleur spectacle musical et de la meilleure mise en scène 1997), Un fil à la patte, LeSire de Vergy , Madame Sans-Gêne , Les Noces de Figaro. Elle assurera auprès de lui la direction artistique du Bourgeois gentilhomme avec Jean-Marie Bigard.

José Paul - L'amour est enfant de salaud.

Elle a également collaboré en 2001 à la mise en scène de Laurent Baffie : Sexe, magouilles et culture générale. En 1997, elle met en scène le spectacle de Virginie Lemoine et Laurent Gerra qui obtient le Molière du meilleur one man show. Elle enchaîne ensuite les spectacles musicaux et humoristiques avec Jean-Paul Farré, Chanson Plus Bifluorée, Les Escrocs, Laurent Gerra, Choc Frontal, Opéraccordéon, Virginie Lemoine, Juliette dans Le festin de Juliette et Juliette à Gaveau. En 2002 elle met en scène La presse est unanime de Laurent Ruquier, et Maria Pacôme dans L'éloge de ma paresse, puis Duel, qu'elle coécrit avec Laurent Cirade, Paul Staïcu et R.H.K Joo, et les deux comédies musicales d'Alexandre Bonstein Créatures (Vingtième Théâtre - Théâtre de La Renaissance) et Les hors la loi (Théâtre Marigny).